条锈病主要发生于叶片上,也可发生在叶鞘、秆和穗上,在叶片的正面形成很多鲜黄色椭圆形的夏孢子堆,沿叶脉纵向排列呈虚线状,常几条结合在一起成片着生。夏孢子堆中产生大量鲜黄的粉未,即夏孢子。小麦接近成熟时,在叶鞘和叶片上产生短的黑色孢子堆,埋生于表皮下。
小麦条锈病主要危害叶片,也可危害茎杆和穗部,造成光合作用受阻,影响产量。