初期茎基部或胚根表皮出现淡红褐色不规则的小斑，后变红褐色凹陷坏死斑，绕根茎扩展致根皮枯死，受害株根系不发达，根瘤少、地上部矮小瘦弱，叶色淡绿，分枝、结荚明显减少。
大豆根腐病一般是在幼苗期发生较多，病株根部以及茎基部，会形成褐色椭圆形，或者是长条形病斑，而到了后期根部会变黑褐色，表皮腐烂。病株矮黄，下部叶片提早脱落。病株一般不枯死，但是结荚少、豆粒小。
根系不发达，根瘤少地上部矮小瘦弱。
